เมื่อ 3 มิ.ย. 2564 มีรายงานว่าจังหวัดปัตตานีพบคลัสเตอร์ใหม่ ในสำนักงานคณะกรรมการเลือกตั้งปัตตานี (ศาลากลางปัตตานี) และสำนักงานคณะกรรมการอิสลามปัตตานี กับร้านเนื้อย่างบุฟเฟ่ต์ชื่อดังใจกลางเมือง เป็นเหตุให้มีผู้ติดเชื้อเพิ่มรวมกัน 5 ราย และยังแพร่เชื้อไปยังเจ้าหน้าที่ทั้ง 2 สำนักงาน ทำให้ผู้ที่มีความเสี่ยง และต้องกักตัว เป็นจำนวนมากถึง 58 ราย เพื่อรอเฝ้าสังเกตอาการทันที
นอกจากนี้ ยังมีคลัสเตอร์ใหม่อีกที่ คือร้านเนื้อย่างกระทะชื่อดังกลางเมืองปัตตานี ที่มีลูกค้ามานั่งรับประทาน หลังจากนั้นพบว่าลูกค้าดังกล่าวได้ติดเชื้อโควิด หลังไปสัมผัสคนในครอบครัว ทำให้ลูกค้าทุกคนที่มานั่งรับประทานในช่วงเย็นของวันที่ 27 พ.ค.ที่ผ่านมา ต้องรายงานตัวทุกคน เช่นเดียวกับพนักงาน 10 กว่าคน ผลปรากฏว่า บางรายมีความเสี่ยงสูง ต้องกักตัวทันที ส่วนคนที่มีความเสี่ยงต่ำต้องกักตัวที่บ้าน 14 วัน เจ้าหน้าที่จึงได้สั่งให้ร้านดังกล่าวปิดให้บริการทันที
จากนั้นเมื่อเวลา 18.00 น. วันที่ 3 มิ.ย.64 กรมควบคุมโรค จ.ปัตตานี ออกประกาศความคืบหน้าผู้ติดเชื้อโควิด ในจังหวัดปัตตานี พบว่าวันดังกล่าววันเดียวมีผู้ติดเชื้อพุ่งสูงถึง 21 คน แล้ว และมีผู้ติดเชื้อเป็นทารกวัย 3 เดือน 1 ราย กับ ชายชรา 72 ปี ยังอยู่ในขั้นตอนสอบสวนไทม์ไลน์ ซึ่งมีผู้ป่วยยอดสะสมทั้งหมด 372 คน รักษาหายแล้ว 290 คน และ เสียชีวิต 1 คน ส่วนคนไทยกลับจากประเทศมาเลเซียปัจจุบันถูกกักตัว 109 คน
อย่างไรก็ตาม สถานการณ์โควิด-19 ในพื้นที่จังหวัดปัตตานี พบว่าก่อนหน้านี้มีแนวโน้มดีขึ้นตามลำดับ ทำให้จังหวัดได้ผ่อนปรนมาตรการบางกรณีไปแล้ว เช่นเปิดตลาดนัดบางแห่ง ร้านค้า จนล่าสุด จังหวัดปัตตานีกลับเข้าสู่สภาวะการณ์ที่น่าเป็นห่วงอีกครั้ง