เตือน ชุดตรวจโควิดบางยี่ห้อ ตรวจโควิดสายพันธุ์ "โอไมครอน" อาจได้ผลลบลวง
ศูนย์จีโนมทางการแพทย์ รพ.รามาธิบดี ได้เตือน ชุดตรวจโควิดบางยี่ห้อ ตรวจโควิดสายพันธุ์ "โอไมครอน" อาจได้ผลลบลวง ซึ่งตอนนี้ในหลายประเทศกำลังเฝ้าจับตามองโควิดสายพันธุ์นี้
สถานการณ์โควิด-19 ในตอนนี้ หลายประเทศกำลังเฝ้าจับตามองโควิดสายพันธุ์ใหม่ "โอไมครอน" ซึ่งตอนนี้มีการพบผู้ติดเชื้อแล้วในต่างประเทศ
ซึ่ง “โอไมครอน” (Omicron) เพิ่งถูกค้นพบและได้รับการยืนยันอย่างเป็นทางการจากองค์การอนามัยโลก หรือ WHO ในวันที่ 26 พ.ย. 64 ที่ผ่านมา และได้ถูกจัดให้เป็นเชื้อไวรัสโควิด-19 กลายพันธุ์ที่ WHO จัดให้อยู่ในสายพันธุ์ที่ “น่ากังวล” เนื่องจากมีการแพร่เชื้อเร็ว และเชื้อนี้มีการกลายพันธุ์ในหลายจุด และหลักฐานเบื้องต้นพบว่า มีความเสี่ยงที่จะติดซ้ำได้
ล่าสุด ศูนย์จีโนมทางการแพทย์ โรงพยาบาลรามาธิบดี ได้เปิดเผยว่า วันที่ 28 พฤศจิกายน 2564 นักวิทยาศาสตร์แอฟริกาได้ “อัปโหลด” รหัสพันธุกรรมทั้งจีโนม (whole genome sequence) ของไวรัสโคโรนา 2019 จำนวนกว่า 125 ตัวอย่างขึ้นบนฐานข้อมูลโควิดโลก “GISAID” เป็นที่เรียบร้อย (ภาพ 4) เพื่อให้นักวิจัยทั่วโลกได้นำไปศึกษาวิจัย เพื่อพัฒนาการตรวจวินิจฉัยทางห้องปฏิบัติการ พัฒนาวัคซีนเพื่อการป้องกัน และพัฒนายาต้านไวรัสเพื่อการรักษา
ชุดตรวจ PCR ที่ใช้ตรวจไวรัสโคโรนา 2019 ส่วนใหญ่จะตรวจจีโนมของไวรัส 2-3 ตำแหน่งหรือ 2-3 ยีนบนจีโนมพร้อมกัน ไม่ได้ตรวจเพียงตำแหน่งเดียว เผื่อหากตรวจพลาดไปบางตำแหน่ง ก็ยังมีตำแหน่งอื่นที่ยืนยันผลบวก หรือลบได้
"WHO" เองก็สนับสนุนให้ปรับวิกฤตให้เป็นโอกาส โดยให้สังเกตุผลลบที่ขาดหายไปบางตำแหน่ง เช่นบนยีน S ที่สร้างโปรตีนส่วนหนาม (S dropout หรือ S gene target failure) หากพบว่าขาดหายไปตรวจไม่พบ ให้สงสัยว่าอาจเป็นสายพันธุ์ "โอไมครอน" (ภาพ 1) จากนั้นให้ส่งตัวอย่างดังกล่าวไปถอดรหัสพันธุกรรมเพื่อยืนยันสายพันธุ์ต่อไป
ยีนของไวรัสโคโรนา 2019 ที่ชุดตรวจ PCR นิยมใช้เป็นเป้าหมายในการออกแบบตัวตรวจตาม (PCR primer) มีหลายยีน เช่น M,N,S,E,Orf1ab, RdRp, Orf8, และ Nsp2 (ภาพ 3)
ทางศูนย์จีโนมทางการแพทย์ รพ. รามาธิบดี ได้ดาวน์โหลดรหัสพันธุกรรมทั้งจีโนมของ "โอไมครอน" ทั้ง 125 ตัวอย่างมาทดสอบด้วยวิธีชีวสารสนเทศกับตัวตรวจตามของชุดตรวจ PCR ที่ทาง WHO ให้การรับรอง โดยอาศัยโปรแกรมที่ชื่อว่า “Nextclade” (https://clades.nextstrain.org/) ปรากฏว่าจากการวิเคราะห์ผลบน "คอมพิวเตอร์" (ซึ่งต้องยืนยันผลกับตัวอย่างเชื้อไวรัสในห้องปฏิบัติการอีกครั้งหนึ่ง) พบว่าทั้ง 125 ตัวอย่างมีแนวโน้มว่าอาจเกิดปัญหากับชุดตรวจ PCR "บางยี่ห้อ" ไม่ใช่ทุกยี่ห้อที่ WHO ให้รายชื่อไว้ คืออาจให้ผลบวกน้อยทั้งที่มีเชื้อจำนวนมาก หรือเกิดผลลบปลอม (false negative) ได้ในบางยีน โดยอาศัยการตรวจสอบรหัสพันธุกรรมของตัวตรวจตาม (PCR primer) กับส่วนจีโนมของสายพันธุ์โอไมครอนที่กลายพันธุ์ไปว่ายังตรวจจับกันได้หรือไม่ หรือตรวจจับไม่ได้เลยเนื่องจากไวรัสมีการกลายพันธุ์ไปมาก (ภาพ 2)
อย่างไรก็ตามชุดตรวจ PCR ส่วนใหญ่จะตรวจยีน 2-3 ยีนพร้อมกัน การตรวจไม่พบหรือการ "dropout" บางยีน อาจไม่ส่งผลกระทบมากนักเพราะจะมีผลบวกจากยีนตำแหน่งอื่นคอยยืนยัน
ดังนั้นศูนย์รับตรวจโควิด-PCR คงต้องระมัดระวังเลือกใช้ชุดตรวจ PCR ที่ผ่านการทดสอบว่าไม่มีปัญหาในการตรวจจับสายพันธุ์ “โอไมครอน”
ขอบคุณ FB : Center for Medical Genomics
ขอบคุณข้อมูลจาก Tnews