จากกรณีร้านค้าที่ร่วมในโครงการคนละครึ่ง แห่ถอนตัวออกไม่ขอไปต่อหลังถูกกรมสรรพากรเรียกเก็บภาษีหลักหมื่นไปจนถึงหลักแสน ทำให้หลายร้านได้พากันหยุดรับเงินในโครงการคนละครึ่งส่งผลให้ร้านค้าที่ร่วมมีน้อยกว่ารอบแรกไปอย่างเห็นได้ชัดเนื่องจากกลัวภาษีย้อนหลัง
ล่าสุดทาง พรชัย ฐีระเวช ผู้อำนวยการสำนักงานเศรษฐกิจการคลัง และโฆษกกระทรวงการคลัง กล่าวว่า โครงการคนละครึ่ง และสรรพากรนั้นไม่เกี่ยวข้องกันแต่อย่างใด การเข้าร่วมโครงการนี้ของร้านค้าไม่ได้ทำให้เสียภาษีเพิ่ม ส่วนขั้นตอนการเสียภาษีของร้านค้าและนิติบุคคล ก็ยื่นกันตามปกติ ถ้าขายของดี ก็ต้องเสียภาษีเพิ่ม ซึ่งการเข้าร่วมโครงการคนละครึ่ง อาจทำให้ร้านขายของดี จึงต้องเสียภาษีเพิ่มเป็นธรรมดา
ทั้งนี้มีการเปิดเผยจาก นางสาวบุษบา สวนส้ม อดีตแม่ค้าขายของออนไลน์ ระบุว่า ผลจากโครงการคนละครึ่ง ทำให้ตนต้องเสียภาษีถึง 7,000 บาท เพราะโครงการนี้ทำให้ฐานภาษีของตนสูงมาก ตนและลูกขายของ มีเงินหมุนแค่ไม่กี่หมื่นบาท ซื้อมาขายไปตลอดทั้งปีเลยทำให้ดูเยอะ กว่า 1 ล้านบาท สรรพากรจึงเรียกเก็บภาษี ซึ่งตนยอมรับว่ายอดขายอาจจะเยอะ แต่กำไรนั้นได้น้อย